As startups são instituições criadas em ambientes de grande incerteza e pelo fato de apresentarem um modelo de negócio de base tecnológica diferente da base tradicional precisam ser abordadas com uma análise diferenciada em relação a estruturação organizacional. O presente trabalho apresenta o estudo de caso da estrutura organizacional dentro do projeto de startup Agriloggi que inicialmente trouxe a ideia de uma plataforma de marketplace para a comercialização de produtos agrícolas para os produtores de Itapetininga e posteriormente, com a tentativa de validação do modelo de negócio, mudou a estratégia para uma plataforma com modelo White Label para atender as necessidades de comercialização com identidade visual e redução de custos dos produtores e comerciantes entrevistados. Para o desenvolvimento da estrutura organizacional, foram geradas, inicialmente, atividades a serem executadas a partir de requisitos levantados pela equipe. O estudo bibliográfico auxiliou no entendimento e avaliação do caminho de responsabilidade de cada indivíduo, na metodologia identificada e na avaliação de possíveis cargos como empresa consolidada. A estrutura organizacional adhocrática e metodologia ágil com framework Scrum foram utilizadas e identificadas no projeto com separação e coordenação das atividades do projeto, auxílio na rápida execução das tarefas com a descentralização das decisões no fluxo de trabalho, ciclos de trabalho semanais para a implementação de incrementos, integrantes com funções de Product Owner e Scrum Master e a mudança rápida de estratégia do projeto validada pelos produtores e comerciantes de Itapetininga.